肛肠中心国家级重点专科，国家区域中医诊疗中心、南京市部省共建临床医学研究中心、江苏省中医临床医学申报中心，由全国首批500名老中医、中华中医药学会肛肠分会首任会长丁泽民教授创建。

拥有内镜及微创治疗中心、专科腔内超声室、结直肠肿瘤多专业一体化诊疗平台、排便障碍性疾病诊治平台（肛管测压室、肌电图室、生物反馈治疗室等）、炎性肠病多专业一体化诊疗平台等。

肛肠中心已建立五个亚专科及研究方向：1、排便障碍性疾病；2、结直肠肿瘤；3、环状痔及复杂性肛瘘；4、炎症性肠病；5、感染性肛周疾病，共60余种疾病（ICD编码）。中医特色优势明显，西医技术先进，综合实力国内领先，国际先进。

骨伤科省级重点专科，由全国名老中医、首批享受国务院政府特殊津贴的高级专家朱金山主任主导并创建正骨、推拿学科，同时培养了南京市名中医李裕顺等一批中医骨伤名家。70年代初，在朱金山主任的指导下，骨伤科开设了正骨和骨伤门诊。

科室分4个亚专业，即创伤骨科、关节外科与运动医学、脊柱外科、骨与关节感染外科。坚持中医中药治疗为主，突出中医特色，中西并重，中西医结合治疗各类骨科疾病。骨折与脱位的手法整复、中医中药口服与外用、微创及修复重建手术治疗；骨关节炎的中医中药非手术治疗，人工关节置换及翻修：包括复杂先天性髋关节脱位（DDH）、类风湿关节炎、强直性脊柱炎、严重关节畸形等，关节急慢性运动损伤的关节镜微创治疗；脊柱及相关疾病的中医正骨疗法、中医中药非手术治疗以及微创手术治疗；骨与关节感染、骨髓炎的综合治疗及糖尿病足保肢治疗。

针灸科省级重点专科，拥有一支技术精湛、团结协作、不断进取的专科学术创新团队，在医疗、教学、科研、科室规模、专业人员诊治疗技术水平等方面处于国内相关领域领先水平。

目前，科室在治疗中风及其后遗症，颈肩腰腿痛、强直性脊柱炎、类风关节炎、痛风病、面瘫、单纯性肥胖、胃食管反流病、更年期综合症和不孕症、带状疱疹后遗神经痛等方面形成了集诊断、治疗、康复等为一体的规范化诊疗体系，疗效突出。科室开展同医整脊、浮针、毫火针、小针刀、腹针、舌针、穴位贴敷、电子灸、熏蒸疗法、耳压等多种特色疗法。

推拿科创始人为全国著名老中医，第一批国务院特殊津贴获得者朱金山先生。“金陵中医推拿”现为江苏省非物质文化遗产科室中医特色鲜明，以中医、推拿、针灸学为主要理论指导，以成人推拿、小儿推拿及康复治疗为主，开展推拿手法、牵引、整脊、拔罐、针灸疗法、放血、小针刀等中医特色疗法及关节松动、理疗等康复治疗技术，此外还开展徒手整形、产后康复、催乳、通乳、骨盆整复等新技术。此外科室还引进：冲击波治疗仪、冷疗、中低周波治疗仪、深层肌肉治疗仪DMS、脉冲整脊枪、盆底康复治疗仪、乳腺治疗仪等。主治颈椎病、腰椎间盘突出、急性腰扭伤、慢性腰肌劳损、落枕、网球肘、膝关节骨性关节炎、肩周炎、背肌筋膜炎、腱鞘囊肿、耳鸣、萎缩性胃炎、亚健康、肥胖症、失眠、头痛、眩晕、消化不良等疾病；小儿推拿，是以治疗小儿斜颈、腹泻、呕吐、便秘、消化不良、厌食、咳喘、感冒、发热、夜啼、桡骨小头半脱位等相关疾病为主，是科室经典治疗项目，在全省享有盛誉。