南京市中医院甲乳外科是近年成立的集医疗、教学、科研为一体的先进科室，为南京市医学重点专科、中国微循环学会甲状腺专委会副主任委员单位、南京中医药学会甲乳病专委会主任委员单位。开放床位45张，现有主任医师1名，副主任医师2名，主治医师4名，住院医师2名，均为硕士、博士学历。全年累计门诊量10000余人次，住院病人数2000余人次，年手术量1000余台，其中三四级手术占90%以上。辐射范围广，除承担南京地区患者诊疗工作外，还承担江苏、安徽等地甲状腺乳腺疑难病症的诊治。近年来，举办了国家级医学继续教育项目三项及市级医学继续教育四项。承担国家自然基金项目1项，厅市级科研8项，发表SCI及中华级专家论坛和论文近50篇。获得市科技进步奖二等奖一项（第一），获得市科技进步奖三等奖一项，市新技术引进奖6项（第一）。
甲乳外科的治疗上常规开展了经口、乳晕、腋窝入路及miccoli腔镜下甲状腺癌各种根治术手术、腔镜下甲旁亢手术、甲状腺乳腺及旁腺微波消融术、乳腺肿瘤微创旋切术、乳腺癌根治、保乳术及术后乳房再造术、乳房整形术、前哨淋巴结活检术、乳腺癌中晚期的新辅助化疗、乳腺癌术后规范化和个体化治疗等。乳头溢液、溢血的乳管镜检查及治疗。开展各种肿瘤细针穿刺和粗针活检术及腹腔镜下各类疝修补术。甲乳外科诊疗水平达到省内领先、国内先进水平。