肾病科是南京中医药大学中医内科肾病专业硕博士点，南京市中医重点专科，早在上世纪五十年代就已开展中医诊治肾脏疾病的专病研究工作。目前肾病科设有门诊、病房、血液净化中心三部分。肾脏科坚持充分发挥中医特色及优势，采用中医、中西医结合方法诊疗各类急、慢性肾病。近年来采用中医药综合疗法治疗慢性肾衰竭早、中期患者，在改善临床症状，延缓肾衰病程进展，提高生存质量等方面疗效显著。同时运用中医及中西医结合方法治疗慢性肾小球肾炎、反复发作的泌尿系感染、难治性肾病综合征、糖尿病肾病等病种，能够显著减少蛋白尿，缓解临床症状，稳定和防止病情复发。此外，科室还积极发挥中医外治特色，开展中药结肠透析、中药熏蒸疗法治疗慢性肾功能不全；中药穴位贴敷疗法治疗水肿、肾虚腰痛等症状。目前科室拥有一批德才兼备的高素质人才，现有省名中医1名，主任医师5人，副主任医师3人，主治医师3人，住院医师2人，其中硕博士生导师1名，硕士生导师1名，博士4名，硕士研究生7名，病房现有床位45张，病房环境舒适，布局合理，处处体现人性化的特色。
血液净化中心建立于1993年，现有血液透析机、血液透析滤过机、床边血液透析滤过机43台、CRRT机1台，可开展血液透析、血液滤过、血液灌流、连续性床边血液净化、免疫吸附、临时和半永久导管置管术、为肾透析的动静脉造瘘术等，对晚期尿毒症患者也可结合中医药治疗方法，改善及提高透析患者的生存质量。