南京市中医院呼吸内科是南京市中医重点专科，江苏省呼吸内科专科联盟成员单位，江苏省中医呼吸专科联盟成员单位。现有医护人员25人，其中医师12人，包括主任医师3名、副主任医师4名，博士生5人，硕士生4人。
我科拥有电子支气管镜、肺功能仪、呼出气一氧化氮检测仪、无创及转运呼吸机、多导睡眠仪、血气分析仪、振动排痰仪、除颤仪等设备，常规开展支气管镜、CT引导下经皮肺穿刺、无创正压通气等多种诊疗技术，并坚持中西医结合、中西医并重治疗呼吸系统疾病，包括各类肺部感染性疾病、慢性气道病（包括慢性阻塞性肺病、支气管哮喘、支气管扩张）、肺源性心脏病、间质性肺病、肺癌、气胸、胸腔积液和睡眠呼吸暂停综合症等。我科还承担对慢性咳嗽、肺结节及占位性病灶、发热待查、气喘胸闷待查等呼吸系统疑难病的鉴别诊断，以及重症肺炎、呼吸衰竭、急性大咯血和急性肺栓塞等呼吸危重病的抢救工作。针对肺小结节这一热门疾病，我科设有肺小结节专病门诊，并与影像科、胸外科、病理科和治未病科建立了肺小结节MDT诊疗模式，还联合科内中医专家专门研制了扶正消结膏（半月膏）。针对慢病呼吸病患者，我科专门设立了呼吸科门诊综合诊疗室，提供肺功能检测、呼出气一氧化氮检测（FeNO）、慢病随访和健康指导以及中医养生、冬病夏治穴位贴敷等慢病管理一体化服务。我科常规开展多导睡眠监测（PSG），使大量潜在的睡眠呼吸暂停综合征患者得以诊断。对于肺占位和肺癌患者，我科具备全面的诊治能力。通过气管镜、经皮肺穿刺活检和淋巴结活检获取病理组织进一步行基因检测；对确诊肺癌患者进行同步放化疗、分子靶向治疗、免疫治疗和中医中药治疗。我院自制的咳嗽合剂、桑杏合剂、杏桔合剂等多种中成药制剂和我科针对咳嗽研制的穴位贴敷方杏紫贴和麻辛温肺贴在治疗急慢性呼吸病方面均有良好疗效，。
我科坚持医、教、研并重。现承担江苏地区中医住院医师规范化培训、南京中医药大学、南方医科大学、澳门科技大学本科实习带教和南京中医药大学《内科学》、《中医内科学》授课任务。每年均开展多次市民健康讲座和电台医学科普宣传。近年来在医学核心期刊发表多篇论文。科室多人入选国家级和省市级中医、西学中人才项目。
南京市中医院重症医学科（ICU）成立于2004年，是一个具有急危重症患者抢救及监护治疗并兼具中西医结合特色的科室。目前为南京市中医重点专科,科室占地约4000平米，共有床位44张。经过十余年坚持不懈的努力，科室已逐渐形成了自身的专业特色和学术风格，并突显出技术人才方面的储备优势。现拥有医师16人，其中高级职称4人，中级职称6人，硕士生导师1人，博士学位2人，博士在读2人，硕士学位8人，拥有护士49人，学士学位29人，高级职称1人，中级职称7人，专科护士12人。目前正按照床位开展数逐步引进高层次的专业医护人才。
我科是全院综合重症救治的核心科室，服务于全院乃至全省危重病患者的转运救治工作。我科充分发挥中西医结合的优势，重视中医药在急重症抢救中的作用，注重“肺与大肠相表里”及“脾为后天之本”在临床中的应用，在“中西医结合治疗脓毒血症”、“中西医结合治疗MODS”方面形成专科特色和优势，提高危急重症救治成功率，提高临床疗效。科室坚持以人为本，个性化施治，成功救治大量危重症患者，为医院各临床科室提供了有力的支持。在中医护理方面，在疾病的不同时期，针对不同病理环节辨证运用中药制剂，开展多项中医护理操作技术，包括耳穴压豆、中药塌渍、中药涂擦、穴位贴敷、中药熏洗、中药热熨包、艾灸等，通过中医操作护理技术辅助治疗以减少及预防疾病并发症，深受广大病人及家属的认可。
科室配备有含中央工作站的进口心电监护仪、各类进口有创及无创呼吸机、便携式转运呼吸机、除颤起搏仪、血透机、亚低温治疗仪、电子支气管镜、床边超声仪、肠内营养泵、输液泵、尿流量动态监测仪、机械排痰机等救治设备，全面开展有创血流动力学监测、呼吸监测、气管插管、经皮气切、机械通气、血液净化、床边超声、床边支气管镜、PICC、输液港植入等技术。我科正逐步开展主动脉内球囊反搏（IABP）及体外膜肺氧合（ECMO）技术，将救治极危重病人的水平提到一个新的高度。我科已引进重症信息管理系统（CIS），汇总各种临床信息，形成集成化、专业化的ICU电子病历，覆盖重症监护相关的各个临床工作环节，建立ICU临床信息数据库，全流程、全方位追踪和监控临床工作过程，给医疗、教学、科研提供客观数据，并规范化科室的流程管理。
科室常年承担南京中医药大学教学、实习工作，香港大学、澳门大学中医药学院临床实习带教工作，近年来承担江苏省住院医师规范化培训工作，并承担重症医学专业相关医学继续教育任务。