南京市中医院感染性疾病科是南京中医药大学附属南京中医院与南京中医药大学中医学院共建专科。现有医护人员32名，其中主任医师3人，副主任医师4人，博士6人，硕士7人。2020年，科室就获批南京市中医重点专科建设单位。2023年，与南京中医药大学温病学教研室联合申报，获批国家中医药管理局高水平中医重点学科（温病学），并共建临床与实践培训基地。2024年，科室成功获批国家中医优势专科建设单位，同时成为中华中医药学会感染病分会副主委单位、江苏省中医感染病专科联盟主委单位、江苏省中西医结合疫病（感染）学科联盟牵头单位，以及南京中医药学会感染与肝病专委会主委单位。专科聚焦发热感染病、中医疫病、复杂疑难疾病和肝胆病等重点发展方向。目前，科室是国家卫生健康委医院管理研究所乙肝临床治愈门诊规范化建设与能力提升项目培育单位、中国医疗保健国际交流促进会医学减重教学单位，以及中国研究型医院学会脂肪肝全专科规范化诊疗示范基地核心单位。
科室拥有杨进和吴承玉两个国家级名老中医药专家学术经验传承工作室。2023年，万海同国家岐黄学者南京市中医院工作站成功落地。科室现有国家岐黄学者1人、全国名老中医药专家学术经验继承工作指导老师2名、全国名老中医药专家学术经验继承工作继承人2名，4名医生入选全国中医临床优才项目。科室承担南京中医药大学《传染病学》授课教学以及实习规培等工作，现为南京中医药大学中西医结合临床硕博士点、药学专业硕士点和中国药科大学生命科学专业硕士点，现有博导1名、硕导2名，在读研究生14名。同时，科室开展中西医结合疑难杂病进修班，每年接收来自省内外的进修医生5-6名。
科室科研团队现有专职人员2人和研究型医生2人，均为博士及博士后。与复旦大学附属华山医院感染科张文宏教授团队合作，共建国家传染病医学中心临床研究合作中心（中西医结合），还建设有国家传染病医学中心全国医院监测网络南京地区呼吸道传染病预警监测哨点，开展急性呼吸道感染病预警监测、疫病、感染和肝病等方向的基础研究。科室与国家传染病医学中心（上海）、复旦生命科学院、中国药科大学工学院和南京中医药大学中医学院等国内顶级科研院所建立了深度合作。近5年，获得国家级、省市级多项课题资助，研究经费近500万元，发表中华及SCI论文二十余篇，荣获南京市医疗新技术奖一等奖等奖项。
科室重点诊治病种
1. 各类发热、急性呼吸道感染病（如流感、新冠、肺炎支原体感染等），各系统感染（包括肺部感染、肝胆系感染、泌尿系感染、中枢感染、皮肤软组织感染、心血管感染和骨关节感染等），以及不明原因发热等各类疑难复杂疾病。
2. 各类肝病，如病毒性肝炎、自身免疫性肝病、脂肪肝、肝硬化、腹水、肝癌以及黄疸等。
科室重点门诊
1、发热门诊（一站式快速诊疗中心）
一站式快速诊疗各类急性发热、急性呼吸道感染，可实现流感、新冠、肺炎支原体、腺病毒、呼吸道合胞病毒等病原体快速检测。同时采用中西医结合诊治方法，助力患者快速康复。
2、感染内科门诊
运用中西医结合方法诊治呼吸系统疾病（如感冒、咳嗽、咳痰）、泌尿系感染（如下尿路感染、肾盂肾炎、复发泌尿系统感染）、肝胆系统感染、皮肤软组织感染及各类慢性低热、发热待查、疑难杂病等。尤其在难治性发热、慢性炎症感染等方面颇具独到经验。
3、肝病门诊
采用中西医结合手段诊治各类型病毒性肝炎、脂肪肝、肝硬化、肝癌、自身免疫性肝病，对黄疸待查及原因不明的转氨酶升高等疑难肝病具有丰富临床经验。同时，与介入科、内镜中心、超声科、肿瘤科、肝胆外科合作建立肝病全程化管理融合诊疗平台，开展如肝囊肿、肝脓肿、肝血管瘤、肝癌等各类肝病的微创诊疗。
4、脂肪肝减重门诊
配备肝脏瞬时弹性诊断仪、人体成分分析仪等诸多专业先进医疗设备，能够精确进行中医体质辨识、评估人体内脏脂肪分布、肝脏纤维化及脂肪肝程度等。倡导“科学饮食、有效运动、健康减重”理念，通过规范化评估，结合饮食行为控制、饮食营养疗法、中草药、针灸、埋线、穴位贴敷以及运动指导等多维度治疗，为脂肪肝以及肥胖患者量身设计个性化减重方案，同时对代谢病患者的血糖、血脂、尿酸等代谢指标进行综合规范目标化管理。燃脂减重示范区及中西医脂肪肝减重多专业一体平台建设工作入选 2024 年度中国疾病预防控制中心慢病中心体重管理全国优秀案例。
5、乙肝临床治愈门诊（中西医结合）
该门诊是以“慢性乙型肝炎临床治愈”为目标的专病门诊，为乙肝患者提供以患者为中心的“全病程科学管理”诊疗新模式，为患者制定个体化的中西医结合诊疗方案，对患者进行疾病风险预判、智能辅助治疗等。