感染性疾病科是在2018年南京市卫计委高层次人才引进团队的基础上建设而成的。目前为复旦大学附属华山医院疑难感染病诊治分中心（南京），南京中医药大学中西医结合感染病硕士点，2020年11月获批南京市中医重点专科建设单位，2021年12月获批南京市中西医结合疫病研究中心，2022年1月获批全国肝胆病诊治技术示范基地。目前下设感染、肝病和全科三个亚专科，开设肝病、脂肪肝减重、发热疑难感染病、腹泻、中医杂病等多个专病门诊。感染科22病区开放床位40张，其中感染监护床位5张，拥有主任医师2名，副主任医师2名，主治医师4名，住院医师2名，其中博士4名，硕士4名，多人在国家、省市各学术专业学会任职。科室建设有国家传染病医学中心微生物与感染网络实验室，以各类发热疾病、复杂重症疑难感染、肝病及各类慢性病为重点发展方向，在病毒、细菌和真菌感染，不明原因发热和新发感染性疾病、急慢性肝病诊治等方面具有丰富的临床诊治经验。
一、发热疑难感染病专家门诊：
在复旦大学附属华山医院感染科张文宏教授团队和南京中医药大学中医学院·中西医结合学院杨进教授团队全力支持下，开展各类长程发热、疑难复杂感染疾病的中西医结合诊疗，尤其在难治性发热，慢性炎症感染等方面拥有独到的经验。
二、肝病门诊：
采用中西医结合方法诊治各类型病毒性肝炎、脂肪肝、肝硬化、肝癌，自身免疫性肝病，对黄疸待查及原因不明的转氨酶升高等疑难肝病等具有丰富的临床经验。同时与介入科、内镜中心、超声科、肿瘤科、肝胆外科合作建立肝病全程化管理融合诊疗平台，开展如肝囊肿、肝脓肿、肝血管瘤、肝癌等各类肝病的微创诊疗。
三、脂肪肝减重门诊：
配备肝脏瞬时弹性诊断仪（Fibrotouch）、（inbody570）全身体质成分分析仪等诸多专业先进医疗设备，能精确进行中医体质辨识、评估人体内脏脂肪分布、肝脏纤维化及脂肪肝程度等。倡导“科学饮食、有效运动、健康减重”，通过规范化评估，结合饮食行为控制、饮食营养疗法、中草药、针灸、沐足、穴位贴敷、耳穴压豆，平衡火罐，血脂滤过以及健身运动指导等多维度治疗，为脂肪肝以及肥胖患者度身设计个性化减重方案，同时对代谢病患者的血糖、血脂、尿酸等代谢指标进行综合规范目标化管理。
四、全科门诊：
重点关注个体、家庭的健康状况，关注慢性疾病的综合管理。诊治范围包含社区常见疾病及各类慢性病：糖尿病、高尿酸血症、痛风、肥胖、脂肪肝和卒中康复等，还包括高危人群筛查及非系统健康体检、未分化疾病及亚健康的鉴别诊断等。