眼科为南京市中医重点专科（建设单位），在中医药治疗眼科疾病方面具有悠久的历史，尤其“洪氏眼科”更享誉江苏中医界，为江苏省非物质文化遗产项目。专科目前拥有多种中药自制制剂，可开展有特色的传统中医中药治疗，如针灸、穴位按摩、眼部刮痧、睑板腺按摩，耳尖放血、耳压、中药熏洗、中药离子导入等。同时也已开展白内障超声乳化加人工晶体植入术、青光眼复合小梁切除术、难治性青光眼手术、视网膜玻璃体手术、角膜移植术、准分子激光屈光手术、翼状胬肉切除加羊膜覆盖/角膜缘干细胞移植术、复杂斜视矫正术等。科室建立了由业内资深专家带队高水平的眼表、角膜团队，大力开展临床及基础研究，并运用现代医学手段治疗常见及疑难眼表、角膜疾病，开展国内领先的高难度的深板层角膜移植、角膜内皮细胞移植手术等先进治疗方法。
承担着南京地区中医及中西医结合眼病的防治工作，同时承担南京中医药大学、南京金陵科技大学视光学院本科理论教学、临床带教以及中医五官学眼科专业硕士研究生的培养工作，是南京中医药学会眼病专业委员会挂靠单位。中西医结合，组建了白内障、青光眼团队，眼表角膜疾病团队。现共有临床医师10人，其中南京市名中医1人，主任医师4人，副主任医师1人，硕士生导师2人，博士2人，硕士5人。