南京市中医院男科成立于2007年，距今已有10余年，创立之初即在当代中医男科创始人、奠基人之一的首届全国名老中医徐福松教授的指导下，依托南京中医药大学男科研究所教研平台，形成一支技术力量雄厚，人才梯队合理，诊疗理念先进，医教研并举的男科团队，在社区内外患者中赞誉有加，广受好评。
科室现有主任中医师2名，副主任中医师1名，主治中医师2名，其中江苏省333高层次人才1名，江苏省六大高峰人才1名，江苏省中医临床优秀人才1名，专科专病治疗护士1名。
科室秉承传统中医“辨证论治”、“方证结合”、“针药并举”的诊疗精髓，结合现代西医先进诊疗理念与技术，对男性疾病的治疗采用“中医药治疗为主，中西医结合，内外治结合，整体与局部结合，针药结合，身心结合”的全方位多途径治疗方式，全力继承中医治疗特色，发挥中医药对男科疾病的治疗优势，取得了非常显著的疗效。
本科室除日常的诊疗工作外，还承担南京中医药大学相关课程的临床教学、科研及研究生培养工作。
目前开展的主要诊疗项目有：前列腺疾病（前列腺炎、前列腺增生、前列腺癌手术放化疗后）、性功能障碍（男性勃起功能下降、新婚阳痿、原发性早泄）、不射精症（功能性不射精、射精管梗阻、糖尿病并发症）、男性不育症（少、弱、畸形精子症、精液不液化症、精子DFI增高、精浆锌缺乏，精浆葡糖酶低下）、免疫性不孕不育（抗精子抗体异常）、优生优育孕前诊疗（男女）、男女性生殖亚健康、精囊疾病（精囊炎症、精囊结核、肉眼血精）、精索静脉曲张、睾丸附睾疾病（急慢性睾丸附睾炎，睾丸附睾囊肿、睾丸附睾结节）、泌尿生殖系统结石病（肾结石、输尿结石、膀胱结石、前列腺结石、睾丸微石症）、男女性心理疾病（性冷淡、性欲低下、性欲亢进、性瘾症）、泌尿生殖系统炎症（淋菌性尿道炎、非淋菌性尿道炎、衣支原体感染）及其他男性杂病（阴茎硬结症、阴茎发育异常、睾丸发育异常）等。
科室还设有非药物特色疗法治疗中心，开展针刺、艾灸、电脉冲治疗、刮痧、平衡火罐、放血疗法、穴位贴敷、指穴按摩、足浴等中医传统特色非药物疗法应用于男性前列腺疾病、性功能疾病、优生优育（男女）、泌尿系感染（男女）、男性外生殖器疾病、生殖亚健康（男女）、性心理疾病及其他性与生殖疑难杂病的治疗过程中，获得社区内外患者的一致好评。