肛肠中心于1956年由全国首批500名老中医、中华中医药学会肛肠分会首任会长丁泽民教授创建。
1994年国家中医药管理局首批授予“全国中医肛肠专科医疗中心”,为国家卫健委重点临床专科，国家中医药管理局重点专科，国家中医肛肠重点学科，国家中医药管理局“十五、十一五”肛肠专科协作组组长单位，国家食品药品监督管理局药物临床试验机构（中医肛肠专业），江苏省科教兴卫工程，江苏省十大临床医学中心,江苏省中医肛肠医疗中心，江苏省中医肛肠临床质量控制中心，江苏省中医示范专科建设单位，南京市医学重点学科，南京市普通外科临床医学中心，南京肛肠病医院，南京市结直肠病研究所。2018年成为国家区域诊疗中心建设单位。“丁氏痔科” 为国家级非物质文化遗产。
目前中心有专科医疗队伍53人，其中博士20名，硕士19名，本科14名；博士生导师3名，硕士生导师9名。有全国名老中医工作室3个，省名中医工作室1个，市名中医工作室2个。设有7个病区，3个中心——江苏省中西医结合结直肠肿瘤中心、南京结直肠病研究所盆底疾病中心、中美结直肠神经调控合作中心。核定床位315张。拥有内镜及微创治疗中心、专科腔内超声室、结直肠肿瘤多专业一体化诊疗平台、排便障碍性疾病诊治平台（肛管测压室、肌电图室、生物反馈治疗室等）、炎性肠病多专业一体化诊疗平台等。
肛肠中心已建立五个亚专科及研究方向：1、排便障碍性疾病；2、结直肠肿瘤；3、环状痔及复杂性肛瘘；4、炎症性肠病；5、感染性肛周疾病，共60余种疾病（ICD编码）。中医特色优势明显，西医技术先进，综合实力国内领先，国际先进。
中心设有7个病区，4个中心（江苏省中医肛肠疾病临床医学创新中心、江苏省中西医结合结直肠肿瘤中心、南京结直肠病研究所盆底疾病中心、中美结直肠神经调控合作中心）。专科医疗队伍53名。其中博士20名，硕士19名，本科14名；博士生导师3名，硕士生导师9名。3个全国名老中医工作室、1个省名中医工作室，2个市名中医工作室