南部新城医疗中心内镜中心位于门诊3楼，总面积3300平方，是集内镜下诊断、治疗、科研、教学为一体的综合性科室。内镜中心配备各种电子胃肠镜、支气管镜、膀胱镜、喉镜,包括目前国际上最先进的Olympus290放大胃肠镜、富士能蓝激光高清胃肠镜及超细胃镜、十二指肠镜、环扫超声内镜、扇扫超声内镜、超声小探头等，同时配有先进的爱尔博刀，胶囊内镜、麻醉机等。
内镜中心以消化内镜工作为主，常规开展无痛胃肠镜、消化道息肉切除术、上消化道异物取出术、消化道狭窄扩张及支架置入术、食管曲张静脉结扎与硬化术、胃曲张静脉组织胶栓塞术、内镜下钛夹止血术及注射止血术、ESD（治疗消化道早癌）、STER（治疗消化道间质瘤）、POEM（治疗贲门失弛缓症）、ERCP及其相关治疗技术（治疗胆胰管结石及良恶性梗阻性黄疸）、内镜下消化道粘膜下病变挖除术、内镜下胃肠道息肉切除术(EMR)、内镜直视下鼻空肠管置入术、内镜直视下肠梗阻导管置入术、经皮胃造瘘术（用于对不能经口进食的病人实施肠内营养）及超声内镜诊治、胶囊内镜检查、C13尿素呼气试验、尤其是放大染色胃肠镜检查技术，使得消化道早期癌的检出率大大提高。
呼吸内镜方面，除电子支气管镜检查，还成功开展了经支气管镜气管扩张术及取异物术、肺泡灌洗术、支气管镜下气管内肿瘤治疗及息肉切除术、恶性气管狭窄气管支气管支架置入术等。电子鼻镜喉镜方面，开展组织活检等诊治。膀胱镜方面，开展膀胱检查及组织活检、膀胱灌注等诊治。