南京市中医院内镜中心位于门诊3楼，总面积3300平方米，是集内镜下诊断与治疗、临床、科研、教学为一体的特色科室。目前拥有先进的仪器设备，包括Olympus 290放大胃肠镜、富士能蓝激光高清胃肠镜及超细胃镜、十二指肠镜、超声内镜、磁控胶囊胃镜、胶囊小肠镜、单气囊电子小肠镜等。
科室常规开展无痛胃肠镜联做、放大+电子染色内镜精查、超声内镜等检查项目，全面开展内镜下食管、胃、肠、胆囊、胆总管等部位的三、四级手术。科室的优势技术包括早癌筛查；内镜下黏膜切除术（EMR）；内镜下黏膜剥离术（ESD）及相关延伸技术，如经口内镜下肌切开术（POEM）、内镜黏膜下隧道肿瘤切除（STER）等；经内镜逆行性胰胆管造影术（ERCP）；胃镜下食管-胃底静脉曲张破裂出血的硬化剂、组织胶、套扎综合治疗术；内镜下食管狭窄扩张成形术及内镜下支架置入术；经胃内镜下NOTES保胆手术以及线阵超声引导下细针穿刺活检及治疗；内镜下阑尾灌洗术；内镜下胆石症脉冲碎石及取出术；可吸收生物膜加速消化道创面修复术等新技术；另外，一次性胆胰成像导管的应用，为胆总管结石、肝内胆管结石、阑尾炎伴阑尾粪石患者从内镜即解决疾病的困扰。此外，运用中医适宜技术干预胃肠镜围术期的不适症状，取得良好效果，增加了我院中医特色的应用单元。
呼吸内镜方面，除电子支气管镜检查，还成功开展了经支气管镜气管扩张术及取异物术、肺泡灌洗术、支气管镜下气管内肿瘤治疗及息肉切除术、恶性气管狭窄气管支气管支架置入术等。电子鼻镜喉镜方面，开展组织活检等诊治。膀胱镜方面，开展膀胱检查及组织活检、膀胱灌注等诊治。
此外，2024年初成立消化内镜日间病区（十九区），主要收治胃肠镜息肉以及其他需要内镜下检查和治疗的患者。患者通常可以在24~48小时内完成入院-检查-手术-出院的“一站式服务”。消化内镜日间病区立足于“日间诊疗模式”，制定标准化、高效率的诊疗流程，为广大患者提供满意的就医体验。