脑病科成立于1984年，现为国家中医药管理局“重点专科”、“江苏省中医重点专科”、“江苏省中医示范专科”、“南京市中医重点专科”、“江苏省中医重点学科”、“江苏省中医药学会脑病专业委员会”主任委员单位。
科室现有高、中级技术职称者21人，博士10人，硕士12人，南京中医药大学硕士研究生导师6人，博士研究生导师2人，以中风（卒中）、眩晕（后循环缺血及常见周围性眩晕、良性位置性眩晕、美尼尔综合征、前庭神经元炎）、头痛（颈源性头痛、偏头痛）、颤证（帕金森病、帕金森综合征）为优势病种。科室现设有门急诊、神经内外科病区、神经重症监护病房、卒中中心、神经介入治疗、康复中心、高压氧舱、神经电生理检查等。通过20年的不断完善，已形成了“一突出、二介入、四结合”的专科优势和特色，即：突出中医特色；中风早期康复介入，脑血管造影及神经介入；针灸与中药结合，急救与康复结合，中医与西医结合，神经内科与神经外科结合。