南京市中医院脑病科（神经内科）创建于 1984 年，1998 年集神经内科、神经外科、神经介入、急诊科、针灸科、康复科等优势于一体联合成立“华东地区首家中医卒中单元”。现为国家中医药管理局“十一五、十二五及十三五中医重点专科、“国家中医优势专科”、“全国高级卒中中心”（建设单位）、“国家卫健委脑血管病规范化防治经验推广单位”、“国家卫健委记忆防治中心”、国家中医药管理局“中医脑健康与认知障碍防治试点单位”、“全国帕金森病基础中心”、 国家卫健委“肠内营养示范病房”（NICU）建设单位，“江苏省中医脑病质控中心”主委单位、“江苏省中医脑病专科联盟牵头单位”、“长三角中医脑病联盟成员单位”、“江苏省卒中联盟成员单位”、“江苏省中医重点学科”、“江苏省中医示范专科”、“江苏省中医重点专科”及“南京市中医重点专科”，为历届“江苏省中医药学会脑病专业委员会”主任委员单位，也为历届“南京中医药学会脑病专业委员会”主任委员单位。
南京市中医院脑病科（神经内科）于 2005 年获得国家药物临床试验机构资格。目前我科设有脑血管病门诊、帕金森病门诊、头痛门诊、眩晕门诊、记忆障碍门诊、心理门诊等专病门诊。脑病科核定床位共112 张（含重症监护病房），设有3个神经内科病区、1 个神经重症监护室、另外还建有高压氧治疗室、神经电生理检查室、前庭功能检查室、自主神经功能筛查室，拥有中风病、帕金森病、痴呆病、眩晕病、头痛病、郁病等多专业一体化诊疗平台。与南京中医药大学中医学院·中西医结合学院合作共建脑病研究室。科研依托院士工作站、中心实验室、中医药现代化与大数据研究中心。脑病科现设有国家岐黄学者蔡定芳名中医工作室、国家级名老中医李果烈工作室、江苏省名中医李继英传承工作室、江苏省名中医赵杨传承工作室、南京市名中医虞鹤鸣工作室、南京市名中医刘孔江工作室、南京市名中医范刚启工作室、南京市名中医王敬卿工作室。
脑病科目前有专科医师 33人，其中正高职称 5人、副高职称 19 人，主治5人，博士 13 人，硕士 16人，学士 4人，博士生导师 3人，硕士生导师 8 人。专职科研人员 2 人，中心拥有江苏省中医脑病专业委员会主任委员 1 人，江苏省名中医4名，江苏省中医药领军人才 1 人，全国中医药创新骨干人才 1 人，全国中医药优秀博士学位论文获得者 1 人，江苏省卫生厅交流支撑计划奖学金及江苏省政府留学奖学金 2 人，江苏省“333 高层次人才”2名，南京市名中医 5名，南京市中青年拔尖人才 1 人，南京十三五卫生青年人才 2 人，南京市中医药青年人才 7 人。创新临床研究人才覆盖中医脑病、神经病学、神经外科学、康复医学、针灸学、中药学、医学心理学、神经电生理等。通过 30 余年的不断发展，已形成了“一突出、二介入、四结合” 的专科优势和特色，即：突出中医特色；中风早期康复介入，脑血管造影及神经介入；针灸与中药结合，急救与康复结合，中医与西医结合，神经内科与神经外科结合。