普外科创建于1979年，在历届院领导的重视和支持下，经过全科医务人员的共同努力，逐步发展成一个以中西医结合为特色、西医普外为主的综合性科室。现为南京市中医重点专科（建设单位），拥有床位45张，医生16名，其中主任医师3名，副主任医师5名，主治医师5名，住院医师3名，均为硕士、本科以上学历。全年累计门诊量10000余人次，住院病人数2000余人次，年手术量近1000台次，其中三四级手术占比60%以上。近年来，发表SCI及中华级论文多篇。
目前科室已经成功开展了普外科所有术式，并已经实现大部分手术的微创化，肿瘤治疗达到人性化和个体化。诊疗水平达到省内领先、国内先进水平。拥有多种专科医疗设备：如STORZ腹腔镜系统、奥林巴斯胆道镜、微波消融仪、超声刀、静脉曲张激光治疗仪、全数字超声诊断仪等。常规开展的手术：胃癌根治术、全胃切除术；结直肠癌根治术、低位直肠癌双吻合(保肛)术；阑尾切除术，各段肝癌切除术；脾切除及修补术；胆囊切除术；胆总管切开取石、胆总管探查；各类复杂型、复发型疝的无张力修补术；腹腔镜胆囊切除、阑尾切除及腹腔镜胃、结直肠肿瘤切除等微创手术。