妇科是国家中医药局“十二五”重点专科，国家中药新药及器械临床试验基地，中医妇科硕士点。该科创建于1956年建院初期，历经60余年的发展，逐步成为具有较强综合实力的国家级中医重点专科。
科室成员学历层次较高、专业技术较强，有全国中医师承指导老师、江苏省名中医1名，南京市名中医2名，硕士生导师5名，中高级职称16人。医生均为本科以上学历，其中博士2名，硕士12名，硕博士学历占80%，中医专业占88%。门诊设有专家门诊、专病门诊、普通门诊、门诊手术室、阴道镜室、盆底功能诊治室、中医治疗室等。
妇科遵循中西医结合优势互补，在诊疗月经不调、不孕症、宫颈病、宫腔粘连、子宫肌瘤、子宫内膜异位症、恶性妇科肿瘤等妇科疾病方面，达到了省内领先水平。开展了中医特色专病门诊，有中医特色治疗10项以上、院内中药制剂8种，形成了中医特色明显的4大优势病种——更年期综合征、盆腔炎、先兆流产、崩漏。承担各级科研课题10余项，其中参加国家科技部“十一五”支撑计划中医临床研究课题2项、江苏省中医药局课题8项、南京市科技局课题4项、南京市卫生局重大项目2项；获江苏省、南京市科技进步奖4项，获新药批件1项、国家专利1项。