南京市中医院康复医学科源自脑病科康复中心，于2023年10月独立成科，2023年12月开设住院病区。目前是江苏省中医康复质控中心副主委单位，南京中医药学会中医康复专委会主委单位，健康中国千县工程千医巡讲公益培训项目知“脊”少年百城计划培训中心，宸竞（南京）运动康复研究基地。获南京市2023年度职工技能大赛康复医学技能竞赛团体二等奖、个人三等奖，南京市2024中医康复临床技能个人技能操作二等奖、团体病例比赛三等奖，中国康复医学会2024年健康科普微视频比赛二等奖。
康复医学科秉承“以病人为中心”的思想，医疗、教学、科研全面发展的思路，以医疗技术创新为动力，采用现代康复治疗技术与传统中医治疗相结合的中西医结合康复疗法，同时在体育医院秉持“体卫融合、中西结合”的理念指导下，打造“体育+康复”、“中医+康复”特色服务模式。目前开设康复医学专家门诊、运动康复门诊、脊柱侧弯专病门诊、面瘫专病门诊等，占地2000平方米，内设运动治疗大厅、作业治疗室、言语吞咽治疗室、肌骨治疗室、运动康复室、儿童康复室、产后盆底康复室、中医治疗室及理疗区等。核定住院床位30张。
科室目前拥有康复医师9名，其中主任医师1名，副主任医师4名，博士研究生1名，硕士研究生5名；康复治疗师16名，其中副主任治疗师2名，硕士研究生在读1名；康复护士24名，其中主任护师1名，副主任护师3名。同时承担住院医师规范化培训、研究生及本科生的临床、康复治疗及护理实习带教等教学工作。科室采用现代康复治疗技术与传统中医疗法相结合的综合康复疗法，目前主要开展：1、神经系统疾病康复，如脑卒中（脑梗死、脑出血）、脑外伤、颤病（帕金森病）、脊髓损伤、周围神经病变等引起的多种功能障碍。2、骨科疾病康复，如颈肩腰腿痛、骨科疾病术后功能障碍。3、运动损伤康复，如踝扭伤、肌肉拉伤、髋膝痛等各类运动损伤。4、孕产康复，如孕期及产后女性常见的盆底疾病、体态异常等身体机能、形态、功能、心理等问题。5、儿童康复，如青少年脊柱侧弯、体态异常、小儿脑瘫、发育迟缓以及心理、情绪方面等问题。6、重症康复，对ICU、EICU、NICU、CCU等多学科重症监护患者开展神经促醒及康复治疗，减少并发症。7、心肺康复，呼吸机辅助呼吸患者脱机训练、心肺功能评估及康复治疗等。