肿瘤科建科于1993年，为“国家中医药管理局重点专科”、“江苏省中医重点临床专科”、“南京市中医重点专科”、“江苏省中西医结合结直肠肿瘤诊疗中心”、“中国中医肿瘤防治联盟单位”。
科室开设2个病区及放疗部，开放床位共100张，在职员工59人，其中医师23人，放疗物理师3人，放疗技师4人；护理人员29人。博士研究生导师1名，硕士研究生导师4名，省级名中医1名，高级职称14人，博士7人，硕士12人。科室坚持中医为主、中西医结合协同发展，目前成为集肿瘤化疗、放射治疗、分子靶向治疗、免疫生物治疗、肿瘤微创消融介入、中医中药治疗为一体的综合诊治专业团队。
科室开展结直肠癌、食管癌、胃癌、肺癌、乳腺癌、卵巢癌等多种实体肿瘤的诊治。设有结直肠癌、食管癌、肺癌等多学科一体化诊疗平台，并设有日间病房、安宁疗护、研究型病房、生物样本库。并设有消化道肿瘤、胸部肿瘤、生殖系统肿瘤、放射治疗、肿瘤微创介入治疗等亚专业方向。中医药特色治疗包括中药内服、外治熏洗、穴位贴敷、中医运动康复等疗法，并有扶正升白口服液、扶正化痰饮等多种院内制剂疗效显著，深受患者好评。科室获得国家、省市科研项目多项、获得省市级科技奖项多项。