针灸科成立于1956年，1997年成为南京市中医重点建设单位；1999年成为江苏省中医重点专科建设单位，目前为江苏省中医重点专科、南京中医药大学附属南京中医院针灸推拿教研室、南京中医药大学国际教育学院针灸临床教学基地，近年来发展成为国家中医药管理局电子灸技术协作组组长单位，麦粒灸、火针、浮针技术协作组成员单位，国家中医药管理局“面瘫”、“肩周炎”临床路径协作组成员单位。南京针灸学会浮针专业委员会主任委员单位，世界中医药联合会浮针专业委员会副理事长单位。
科室历经60余年的建设、创新与发展，拥有一支技术精湛、团结协作、不断进取的专科学术创新团队，在医疗、教学、科研、科室规模、专业人员队伍、门诊接诊病人能力及诊治水平等方面处于国内相关领域领先水平。科室拥有27名临床医师，其中主任医师/教授6人，副主任医师/副教授4人，主治医师/讲师14人，住院医师/助教3人，其中博士研究生4人，硕士研究生17人；现有学科带头人1人，学科后备人才2人，省级名中医1人，市级名中医4人，区级名中医3人，博士研究生导师1人，硕士研究生导师5人。
针灸科病区开放床位30张，科室围绕经络整脊技术、穴位埋线技术、针刀疗法、浮针疗法等特色技术，已成立经络整脊、穴位埋线、肌肉科（肌骨疼痛及肌少症）、针刀、月经不调等五大亚专科，以及建立颈椎病、腰痛、带状疱疹神经痛、面瘫、耳鸣耳聋、中风后遗症、尿失禁、美容等专病门诊。科室积极引进射频灸疗等新技术设备，并以射频灸疗治疗舱为载体，搭建“械药融合”技术新平台。
我科在针刺治疗颈肩腰膝部疾病、面瘫、肥胖病、胃食管反流病、带状疱疹及后遗神经痛、中风康复、失眠、头痛、焦虑抑郁、月经病和不孕症、慢性疲劳综合征等，冬病夏治（三伏贴）、三九贴等方面形成了集诊断、治疗、康复、预防等为一体的规范化防治体系。我科长期承担境外留学生的国际针灸教育工作，在海内外享有较高的声誉，同时在白俄罗斯设立的莫吉廖夫南京中国传统医学中心协助当地医院开展针灸专业诊疗服务，在南京市政府“一带一路”项目建设中发挥了积极的作用。