南京市中医院早在上世纪八十年代，即已开展中医诊治风湿病的专病研究工作。在老一辈中医药专家的引领之下，对干燥综合征、类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等风湿病进行了系统研究，并形成了鲜明的诊治特色。2004年正式成立风湿病科，厚积而薄发，专科建设取得了快速发展，现为南京市中医重点专科、江苏省中医药学会风湿病专业委员会副主任委员单位、南京中医药大学中医内科专业硕士点。
风湿病科拥有一支实力强、素质高的学术梯队。现有主任中医师2名，副主任中医师4名，主治医师5名，博士4人。设干燥综合征及类风湿性关节炎2个专病门诊，病区开放床位45张。科室以中西医结合治疗风湿性疾病为特色，在长期的医疗实践中，对类风湿关节炎、干燥综合征、痛风、脊柱关节病、系统性红斑狼疮、皮肌炎/多肌炎、系统性硬化、骨关节炎等常见风湿病的诊治积累了丰富经验，疗效肯定。科室开展肌骨超声诊断风湿病、超声引导下风湿病治疗，在省内领先。科室中医特色鲜明，开展中药贴敷疗法、中药熏蒸疗法、中医定向透药疗法、超声药物透入疗法、穴位贴敷以及针灸拔罐等，尤以中医综合治疗方法治疗干燥综合征为特色，疗效显著。