肿瘤科建科于1993年，为“国家中医药管理局‘十二五’重点建设项目”单位、“江苏省重点专科”单位、江苏省中医重点临床专科、江苏省中西医结合结直肠肿瘤诊疗中心。
科室现有2个病区，开设床位90张，在职员工51人，其中医师22人，放疗物理师2人，放疗技师5人；护理人员22人。硕士研究生导师2人，高级职称12人，博士7人，硕士12人。经过多年的科学管理和人才储备，现已发展成为集肿瘤化疗、放射治疗、分子靶向治疗、免疫生物治疗、肿瘤微创介入、中医中药治疗为一体的综合诊治专业团队。
在肿瘤专业学科带头人、硕士生导师方明治教授的带领下，近年来科室各亚专业发展突飞猛进、人才梯队构建逐步成熟，专业技术日益精湛丰富。同时方明治主任作为南京市名中医，在肿瘤的中医中药治疗方面有自己独到见解，享有很高的声望。
科室主要开展消化道肿瘤、肺癌、食管癌、乳腺癌等多种实体肿瘤的诊治，尤其开展了疑难、危重、复杂病例的诊治。与肛肠科、病理科、影像科等多个科室开展MDT平台，定期开展肠癌患者多学科一体化诊疗，并设有消化道肿瘤、胸部肿瘤、生殖系统肿瘤、放射治疗、肿瘤微创介入治疗等亚专业方向。