针灸科成立于1956年，1997年成为南京市中医重点建设单位；1999年成为江苏省中医重点专科建设单位，2002年成为省级中医重点专科、目前为南京中医药大学附属南京中医院针灸推拿教研室、南京中医药大学国际教育学院针灸临床教学基地。同时还是国家中医药管理局电子灸技术协作组组长单位；中医整脊、麦粒灸、火针、浮针等技术协作组成员单位；国家中医药管理局“面瘫”、“肩周炎”临床路径协作组成员单位。科室历经近60年的建设、创新与发展，拥有一支技术精湛、团结协作、不断进取的专科学术创新团队，在医疗、教学、科研、科室规模、专业人员诊治疗技术水平等方面处于国内相关领域领先水平。拥有27名临床医师，其中主任医师6人，副主任医师2人，主治医师10人，住院医师9人，其中博士研究生6人，硕士研究生14人，现有学科带头人1人，学科后备人才2人，市级名中医4人，硕士研究生导师5人，针灸科病区开放床位23张。
目前，科室在治疗中风及其后遗症，颈肩腰腿痛、强直性脊柱炎、类风关节炎、痛风病、面瘫、单纯性肥胖、胃食管反流病、更年期综合症和不孕症、带状疱疹后遗神经痛等方面形成了集诊断、治疗、康复等为一体的规范化诊疗体系，疗效突出。科室开展同医整脊、浮针、毫火针、小针刀、腹针、舌针、穴位贴敷、电子灸、熏蒸疗法、耳压等多种特色疗法。长期承担境外留学生的国际针灸教育工作，在海内外享有极高的声誉，同时在白俄罗斯设立的莫吉廖夫南京中国传统医学中心开展针灸专业诊疗服务，在南京市政府“一带一路”项目建设中发挥了积极的作用。