南京市中医院妇科创建于1956年建院初期，目前为国家级、省级中医重点专科、国家中药新药及器械临床试验基地、南京中医药大学中医妇科硕士点。科室现有全国中医师承指导老师1名，江苏省名中医1名，南京市名中医3名，硕士生导师7名，高级职称15人。硕博士学历占比90%，中医专业医师占比94%。门诊设有专家门诊、专病门诊、普通门诊、门诊手术室、阴道镜室、盆底功能诊治室、中医特色治疗室等，同时设有“更年期多专业一体化平台”。
妇科遵循中西医结合优势互补，在诊疗月经疾病、更年期综合征、盆腔炎、不孕症、宫颈疾病、子宫肌瘤、子宫内膜异位症、妇科恶性肿瘤等疾病方面，具有独特的临床经验和诊疗效果。科室具有院内中药自制制剂8种（蛇黄洗剂、归芍合剂、滋阴合剂等），中医特色专病门诊5个（先兆流产、不孕症、盆腔炎、宫颈疾病、更年期综合征），中医特色治疗10余项（穴位贴敷、耳穴压豆、保留灌肠、中药热熨、外阴熏蒸等）。开展各级各类妇科手术，包括经腹、经阴道及腹腔镜下良恶性疾病手术、宫腔镜手术、宫颈手术、计划生育相关手术等。
科室承担国家级、省级及市级各项科研课题，获新药批件1项，获省级、市级科学技术奖、医学引进新技术奖10余项，国家专利多项。